A economia do município se baseia na agropecuária onde se destacam a avicultura de corte, a bovinocultura de leite, a horticultura, milho e suinocultura. Além da EMATER- MG com sede no município, o IEF e o IMA, com sede em Pará de Minas, também prestam serviços aos produtores rurais do município.

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A estrutura Fundiária mostra que no município predominam as pequenas propriedades, tendo apenas 15 das 398 propriedades com área superior a 200 há.

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São José da Varginha, se destaca no Estado pela sua grande produção de TOMATE.

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Nas explorações hortícolas, além do TOMATE, ainda se destacam; o pimentão, milho (grão), milho (silagem), abóbora moranga, pepino e outros, o sistema mais usado é o de meia, normalmente tem-se um produtor de maior poder aquisitivo que banca o custo da exploração para meeiros que entram com a mão de obra.

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A cultura do milho quase sempre plantada nas áreas de horta para um aproveitamento da adubação da cultura anterior. Mesmo não sendo encarada pelo horticultor como sua principal atividade, a cultura do milho tem sido uma boa opção para utilização da área do período de chuva, ocasião em que a maioria dos produtores não planta as oleícolas tradicionais.

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O leite é outro produto importante no município. Apesar das condições de mercado serem desanimadoras para o produtor, o leite ainda é um produto quase sempre presente nas propriedades do município. O rebanho é predominantemente meio sangue holandês-zebu (o girolanda). A produtividade ainda é baixa devido à falta de investimento em instalações e nutrição